清康熙三十六年（西元一六九七年）由當時的福建水汛台灣協防右哨千總陳成功所倡建，主祀湄洲天上聖母，至今已有三百多年的歷史。 
傳說陳成功當初兩度率領軍隊來台，皆因遭遇強烈風浪而折返，最後恭請湄洲天上聖母護航，才得以順利登陸，陳成功因感念天上聖母恩澤，於是集資於海邊建廟。清咸豐九年（西元一八五九年）因舊廟被暴漲的海潮所沖坍，村民於是將普天宮遷至芳苑街上，八十年年底為了擴建，普天宮再遷至現址，陳成功所建之普天宮舊廟原址即在現址西邊約一公里半之處，現已成為一片汪洋。 
普天宮後方的沙丘是風水穴位中的「白馬峰」，相傳在清朝時期曾有白色神馬出現，普天宮也成為彰化縣沿海地區的信仰中心之一，各界人士前往朝拜者絡繹不絕。 
現在的普天宮，佔地約六公頃，總建坪六千餘坪，殿高三十五公尺，採閩南式宮殿建構。大殿位於二樓，除了主神天上聖母外，同祀神明有文昌大帝、神農大帝、關聖帝君、陳將軍（陳成功）；三樓前殿是大雄寶殿，奉祀觀世音菩薩，後殿為玉皇大帝殿，奉祀玉皇大帝。 
主殿兩側是樓高七層的鐘鼓樓，右為鐘樓，樓頂有千里眼之雕像，左為鼓樓，上方為順風耳塑像，兩位神明擔任媽祖的左右護法，遠眺八方、靜聆九垓，協助天上聖母護佑芳苑這片主地。的開基媽祖創於清康熙三十六年(西元1697年)，至今已有三百多年的歷史，是芳苑地區民眾的信仰中心。每年農曆三月二十三號媽祖誕辰普天宮皆會舉行盛大的慶典活動，許多民眾也會前來謁拜。普天宮中的牆上還有一處浮壁觀音神像，是信徒嘖嘖稱奇的顯像神蹟。

地址:芳苑鄉芳苑村芳漢路二段161巷100號